Os alunos do professor Xavier, os X-Men, têm que enfrentar uma nova ameaça em duas frentes: em um dos fronts, um esquadrão da morte que persegue e mata mutantes friamente. Do outro, o popular e influente reverendo Stryker que, a partir de uma leitura deturpada dos evangelhos, prega o medo e terror contra os que possuem o fator genético X.
